国学学科推动者从中西之别入手，将国学学科的合法性置于中国与西方的差异之中。无论20世纪早期的国学研究抑或是今日之国学，学者们都试图在中与西之间寻求出路。有所不同的是，在20世纪早年“整理国故”过程中，西方学科的分类体系及其治学方式是改良传统学术的途径，由此传统之学进入科学的范畴并转型为文史哲等学科;今日国学的学科推动者则强调西方学科的知识分类与传统之学的隔阂之处，试图在西方学科分设的格局下，为传统学问寻求一条作为整体之学的学科之路。

　　湖南大学岳麓书院院长朱汉民指出：“中国的传统学术是一个整体，可以说是和中国文化息息相关的整体性的东西。……你把它拉出来用各个学科去把握它的时候，就有可能失真。……国学提供中国人面对社会、面对学问的一种态度，是从整体性上掌握的一门学问。”这一观点在国学学科派中颇为普遍。在他们的对比之中，中国文化重视整体，在知识上体现为经史子集各家之学的互通，此种互通性和整体性与西方学术形成了强烈反差。西方强调知识的绵密分殊，其典型体现为学科划分，代表着西方注重专门化和特殊化的思维方式。在他们看来，由于中西方学术的差异，传自西方的学科制度给自成系统的中国文明带来了自我贬斥与削足适履的苦痛，经史子集的传统知识分类被置换为文史哲学科分类的一个后果便是“经学走向衰落，经学传统中断，被肢解到了不同的学科，经学的价值和意义也被否定了”。对症药方是国学成为独立的一级学科，并专辟经学为一个二级学科。

　　众所周知，经学地位的式微是整个知识形态与社会转型的结果。西学的传入固然参与到经学的沉落之中，然而还有其他更为重要的因素。在西方船坚炮利和科技昌盛的冲击下，经学面对世事变迁束手无策，科举制度的废除更使经学失去了社会基础，从根源上切断了经学与政治的制度关联。尤其五四运动之后政治动荡，经学被认为是民族贫弱的原罪，其境遇可想而知。经学的衰落在国学学科推动者的叙事中简化为“西方分科之弊”的后果，恐难被学界所接受。再者，经由“整理国故”运动，文学、史学、语言学、哲学、考古学等学科确立，尽管传统之学的形态由此发生了重大转变，但也在当相当大程度上留存于哲学、文献学、先秦史、音韵训诂等学科之内。

　　需要进一步思考的是，中西之异更多指向的是二者在知识内容(包括其所蕴含的思维方式和问题意识)上的差异还是知识分类框架间的冲突。毕竟，作为知识分类框架的学科与学科范畴内的知识(如概念、方法、理论及其所形成的知识体系)是两个虽有关联但却不同的问题。在知识分类的意义上，学科犹如器皿，其中的具体内容可有不同。学科框架有相当的弹性，可以容纳概念、理论以及方法的更替，而知识内容的变更并不必然意味着学科的消解或危机。

　　中西学之别很大程度上是在知识体系上而言的，西学与中学的疏隔之处早已为近现代转型时期的学人所感知。胡适从早年的《中国哲学史大纲》到后来“中国思想史”的转变，正是因为发觉西方哲学概念用于中国本土思想的局限性。今日学人也依然感知着此间隔阂，余英时指出中国传统有其独特的问题意识和解决路径，难以轻易被西方吸收。但是，胡适“中国思想史”的提法，并不构成对哲学学科成立与否的冲击;余氏之意也更在日常微观的学术研究过程中对西方知识体系中的概念、问题意识等抱有警惕和反思，并不必然主张因中西之别而创造出一个新的学科。在现代分科的体系下，曾涌现出钱穆、梁启超、赵元任、傅斯年、陈寅恪、汤用彤等高水准学者，这说明中国传统学术依然可能在源于西方的文史哲学科框架下得到吸收、继承与彰显，这可取径于对治学材料与路径的不断反思，以促进学科知识的竞争与更替。21世纪以来经学研究在各相关学科内逐步复苏，无论在哲学内以“儒藏工程”为代表的典籍整理，还是文献学、中国史领域对经学逐渐增多的关注，都说明现代学科体系具有容纳经学的弹性空间。说到底，知识的发展和处境总是受制于所处的外部环境及思想取向，当初经学的衰微与国运不济有莫大关系，而当下的中国已成为具有世界影响力的大国，积极融入全球体系以及国家建设从传统文化汲取思想资源，促成了经学为核心的传统文化的复归。

　　由上所述，国学学科支持者突出中西之别、强化二者之间的差异而由此确立“国学”一级学科设立的合法性，恐怕难以获得广泛共识。在许多赞成国学发展的学者看来，如何在西方知识的霸权之下达成对中国主体性的理解和彰显，并不是简单设立一个传统之学的学科即可解决的问题。